除了这些造反作乱的土司，还有两大类土司，第一是积极出兵，帮助朝廷处理杨应龙叛乱的土司，如石柱和云南的各土司，朝廷要予以赏赐，同时加强这些土司头目的权力，如石柱土司宣慰使马斗斛，不但要予以加官，还要明发诏书，准允其长子马千乘继承石柱土司宣慰使之职，任命马千乘为宣慰司同知。

而对于直接参战的土司大小头目，要按照其功劳的大小，予以赏赐，同时在各宣慰司内部给这些土司的大小头目授予官职，使得他们在宣慰司内部掌握一定的权力，使其大小相制。

而对于水西安氏这样的之前首鼠两端，最后才参与平叛的土司，朝廷也自然是要予以惩罚的，要在他们的领地内设置卫所，部分实施改土归流，同时分封安氏的其他旁支子弟为宣慰司官员，并且要求安疆臣拿出一部分土地和人口，分给这些心向朝廷的中小土司，增加水西、水东每年向朝廷缴纳的赋税总量，加强对于他们的经济控制，逐步削弱他们的势力。

在安置这些小土司的时候，也要将他们打散安置，不能使他们有抱团聚集的可能性。虽然对于他们实行的是分土世官，但是最终的目的还是改土归流。